Oprócz komentarzy znalazłem inny powód, który może powodować problem, że nie ma na liście żadnych schematów:
Wpadłem na to, próbując połączyć się z inną bazą danych z innymi schematami niż wcześniej.
Przejdź do Projekt -> Właściwości -> JPA i wyłącz/odznacz Zastąp domyślny schemat połączenia
Jeśli wybrano schemat, który nie istnieje w wybranej bazie danych, żadne schematy nie będą wyświetlane podczas tworzenia jednostek. Dla mnie problem polegał na tym, że Eclipse próbowało wcześniej pokazać schemat z bazy danych.
