Wreszcie naprawiłem ten problem. Moja aplikacja ma wielowątkowość do korzystania z tego samego połączenia, wydaje się, że nie jest to właściwy sposób na dostęp do mysql, więc gdy nie udostępniam połączenia, problem zniknął.
W sekcji „ThreadSafety” w Podręczniku użytkownika MySQLdb :
