Przejrzałem dokumentację i kod źródłowy, ale nie znalazłem wyjaśnienia, dlaczego nasłuchiwanie i reklamowanie różnych portów jest problematyczne.
Problem rozwiązałem za pomocą --port 3301 podczas wywoływania mysql-server:
docker run --name=db2 -p 3301:3301 -v db2:/var/lib/mysql -d mysql/mysql-server --report-host=139.59.11.215 --port 3301
