To brzmi jak problem z blokowaniem bazy danych. Polecam zakup narzędzia takiego jak innotop i przyjrzeć się bliżej temu, co dzieje się w bazie danych. W szczególności przyjrzałbym się uważnie otwartym tabelom, blokadom i zapytaniom aktywnym, gdy Twoja aplikacja Grails jest uruchomiona.