Jeśli mysql_num_rows jest równe ZERO NIE działa

Count zwróci wartość i nie możesz zliczyć, a następnie wywołać mysql_num_rows. Jest to jeden z drugim.

Możesz zrobić

$isExist = mysql_query("Select count(id) from ..."); 
$r = mysql_fetch_array($isExist);
if($r['COUNT(id)'] > 0){
//item exists
}else{
//item doesnt exist
}

Jeśli alternatywnie możesz wykonać zapytanie jako:

$isexist = mysql_query("select * from wcddl_filehosts where downloadid = '".$download[id]."'");
if(mysql_num_rows($isExists)>0){
//we have items
}else{
//we dont have items
}