Jak powiedziałeś, plik persistence.xml znajduje się w src/main/resources więc może nie być w stanie go przeczytać
musisz umieścić go w src/main/resources/META-INF
Jeszcze jedna rzecz dodaj
<property name="openjpa.jdbc.SynchronizeMappings" value="buildSchema(ForeignKeys=true)"/>
do Twojego persistence.xml.
Jeśli dodasz openjpa.jdbc.SynchronizeMappings właściwość, jak pokazano poniżej, OpenJPA automatycznie utworzy wszystkie twoje tabele, wszystkie klucze podstawowe i wszystkie klucze obce dokładnie tak, aby pasowały do twoich obiektów
