Pobierz najnowsze wątki, do których użytkownik nie dołączył

Jeśli rozumiem, czego potrzebujesz

SELECT t.*, jt.*
FROM thread t 
LEFT JOIN joined_threads jt ON jt.thread_id = t.unique_id AND jt.saved_by = '$user_id' 
WHERE t.owner <> '$user_id' AND jt.thread_id is NULL
GROUP BY t.unique_id

(nie testowany). Btw po co ci jt.*, zawsze będzie NULL