Wersje MySQL od 5.6.7 mają secure_auth włączone domyślnie, co oznacza, że klient 5.6.7+ nie pozwoli na połączenie, jeśli hasło użytkownika MySQL jest zahaszowane przy użyciu metody sprzed wersji 4.1. Powiedziałeś, że migrujesz z instalacji 4.0.24, więc twoje hasło użytkownika MySQL jest zdecydowanie zahaszowane przy użyciu metody sprzed wersji 4.1.
Podczas korzystania z mysql narzędzie wiersza poleceń, możesz obejść ten problem i połączyć się z bazą danych przed wersją 4.1 za pomocą --skip-secure-auth opcja wiersza poleceń. Na przykład:
mysql -h 127.0.0.1 -u username -p --skip-secure-auth
Niestety nie ma możliwości wyłączenia secure_auth w mysql-python.
