Niedawno napotkałem podobny problem z MySQL w jednym z moich systemów produkcyjnych.
Jak zauważył powyżej komentator, problemem jest wyszukiwanie za pomocą symboli wieloznacznych w polu tekstowym, a w szczególności wiodący % w wyszukiwaniu.
Zmniejszyliśmy wiodący % i skróciliśmy czas potrzebny na wyszukiwanie o kilka rzędów wielkości (od serwera szlifującego 60 sekund+ do „braku czasu”).
Alternatywą byłoby użycie indeksu pełnotekstowego lub systemu takiego jak Lucene do wyszukiwania.