Proponuję, abyś na razie wybrał prostotę konserwacji i skalowalność (którą RDS najwyraźniej zapewnia znacznie lepszą niż lokalny MySQL) zamiast wydajności.
Później, gdy uzyskasz niewystarczającą wydajność za dolara zapłaconego za Amazon, możesz zacząć uważnie mierzyć, aby znaleźć wąskie gardła.
Niemniej jednak, jeśli jesteś przyzwyczajony do utrzymywania prywatnych, ciasno upakowanych serwerów VPS — lokalny MySQL może być prostszy w utrzymaniu i powinieneś skorzystać z usług zewnętrznych znacznie później :)