Spróbuj tego:
UPDATE table1
INNER JOIN table2 USING (customer_id)
SET table1.customer_id = 999, table2.customer_id = 999
WHERE table1.customer_id = 3
Nigdy nie próbowałem tego z aktualizacją kluczowych kolumn takich jak ta, ale działałoby to w przypadku innych kolumn, więc warto spróbować.
