Po prostu próbuję tutaj (nie w 100%), ale czy próbowałeś dodać kolumny docelowe w ten sposób:
mysql_query("LOAD DATA LOCAL INFILE '".$_FILES['my_file']['tmp_name']."'
INTO TABLE table_tracking FIELDS TERMINATED BY ','
OPTIONALLY ENCLOSED BY '\"'
LINES TERMINATED BY '\n'
(tracking_number,order_id)");
Twoja tabela zawiera trzy kolumny i podajesz tylko dwie dane.