mysql policz, ile razy jedno pole łączy się z drugim

select ref, count(distinct id) from table group by ref;

Dzięki temu uzyskasz liczbę odrębnych identyfikatorów według ref.

select ref, count(*) from table group by ref;

To da ci liczbę rekordów według ref.

EDYCJA:

Spróbuj tego, aby uzyskać pożądany wynik.

select t.*, m.counter
from table t 
join (
   select ref, count(distinct id) as counter
   from table group by ref
) m on t.ref = m.ref

Przykład na SQLFiddle:http://sqlfiddle.com/#!9/2b93c/2