Spróbuj zastąpić podzapytanie sprzężeniem:
SELECT *
FROM files f
LEFT OUTER JOIN reades r on r.file_id = f.file_id
WHERE r.file_id IS NULL
Oto link do artykułu o tym problemie . Autor tego artykułu napisał procedurę składowaną, aby zmusić MySQL do oceny podzapytań jako niezależnych. Wątpię jednak, czy jest to konieczne w tym przypadku.