GROUP_CONCAT i INNER JOIN z klauzulą ​​WHERE

WHERE klauzula ogranicza rekordy przed do grupowania; natomiast HAVING klauzula ogranicza wyniki po grupowanie:

SELECT   course.id, course.name, GROUP_CONCAT(Flag.id) flags
FROM     course
    JOIN course_flags ON course_flags.course_id = course.id
    JOIN flag ON flag.id = course_flags.flag_id
GROUP BY Course.id
HAVING   SUM(flag.name = 'promocja')

Zobacz go na sqlfiddle .