Prawdopodobnie nie jesteś we właściwym katalogu podczas wykonywania połączenia.
Idź tam:
cd "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\bin"
lub określ bezwzględną ścieżkę pliku wejściowego:
mysql -h localhost -u root -p [database name] < "C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 4.1\bin"