W końcu zorientowałem się, na czym polega mój problem.
python-mysql.connector nie był pakietem py3 i apt-get ani aptitude nie proponowały takiej wersji.
Udało mi się zainstalować go za pomocą pip3, co nie było takie proste w Ubuntu 12.04, ponieważ jest dołączone tylko do Ubuntu od 12.10, a pakiet nie ma takiej samej nazwy pod pip...
example@sqldat.com:$sudo apt-get install python3-setuptools example@sqldat.com:$sudo easy_install3 pip example@sqldat.com:$ pip --version pip 1.4.1 from /usr/local/lib/python3.2/dist-packages/pip-1.4.1-py3.2.egg (python 3.2) example@sqldat.com:$sudo pip install mysql-connector-python