U mnie działa z tymi ustawieniami.
<add name="ProviderName"
type="SubSonic.MySqlInnoDBDataProvider, SubSonic"
connectionStringName="ConnectionString"
generateLazyLoads="true"
generatedNamespace="My.NameSpace"
generateRelatedTablesAsProperties="true"
tableBaseClass="ActiveRecord" />
Subsonic 2.2 i MySql 5.1.30. Powinieneś również sprawdzić, czy obie tabele są MyISAM.
A czy właśnie stworzyłeś ten klucz obcy? Wtedy jest prawdopodobne, że Subsonic nie zauważy twoich zmian, ponieważ MySQL wydaje się buforować schemat tabel. Zobacz:http://code.google.com/p/subsonicproject /issues/detail?id=87