Problem dotyczył MySQL 5.5, który nieefektywnie wykonuje podzapytania. Mój domowy komputer korzysta z MySQL 5.6, który pod tym względem jest znacznie lepszy. Zaktualizowałem więc MySQL na EC2 do wersji 5.6 i stał się on prawie tak szybki, jak mój domowy komputer (o ile tylko jeden dotyczy to jednoczesnego zapytania).