Wybierz MySQL z podzapytaniem i LIMIT

Gdy używasz WHERE warunek w tabeli po prawej stronie LEFT JOIN (Outer Join), efektywnie staje się INNER JOIN , ponieważ WHERE klauzula musi odpowiadać warunkom. Dlatego otrzymujesz tylko przypadki, w których c.active = 1 .

Musisz przesunąć WHERE warunek LEFT JOIN .. ON .. AND .. warunek:

SELECT
   p.id, c.id as category_id 
FROM
   (SELECT id FROM products p WHERE p.id > 6319055 ORDER BY id LIMIT 1000) prods 
LEFT JOIN 
   products p ON p.id = prods.id 
LEFT JOIN 
   categories c ON c.id = p.category_id 
                   AND c.active = 1