Dzięki Markowi B (patrz komentarze) dowiedziałem się, że przyczyną była przeglądarka. Dokładniej wtyczka firePHP w Chrome. Po wyłączeniu wszystko wróciło do normy.
Z jakiegoś powodu firePHP sprawia, że przeglądarka wywołuje stronę dwa razy, gdy nie powstaje żadne echo.
