Cóż $company->employees zwraca kolekcję, ->id nie jest właściwością w kolekcji, dlatego pojawia się błąd.
Jeśli chcesz pobrać tablicę zawierającą wszystkie identyfikatory Twoich pracowników, możesz to zrobić:
$company->employees()->lists('id');
Jeśli to czytasz i używasz laravela ^5.3.* wtedy odpowiedź byłaby:
$company->employees()->pluck('id');
Zwróci to kolekcję ze wszystkimi identyfikatorami, jeśli chcesz, aby była to tablica, możesz połączyć ->toArray() za nim.