Nie rozumiem, dlaczego miałbyś zrezygnować z indeksu. Po prostu utwórz go raz w wierszu, jeśli nie jest jeszcze zdefiniowany jako klucz podstawowy w każdej z tych tabel, w którym to przypadku jest już zindeksowany.
Wreszcie zamiast usuwać, a następnie ponownie wstawiać dane, być może, jeśli to możliwe, przeprowadzić aktualizację, która byłaby ogólnie szybsza.