To może pomóc:
Jeśli chcesz zignorować wartości -1 ze średniej:
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, NULL)), AVG(`c`) FROM `t`;
Jeśli chcesz uwzględnić wartości -1 w średniej:
SELECT AVG(`a`), AVG(IF(`b` > -1, `b`, 0)), AVG(`c`) FROM `t`;
Przyjąłem fałszywe nazwy kolumn i tabel oraz założyłem kolumnę b
jako ten, dla którego chcesz brać pod uwagę tylko wartości>=0. Możesz wpisać nazwy zgodnie ze swoim schematem.