Nie wiem, jak importujesz pliki CSV, ale sposób, w jaki bym to zrobił, to napisanie skryptu (php/perl) do odczytu każdego pliku, zaokrąglenia lub przycięcia znacznika czasu do sekund i wykonania instrukcji INSERT w BAZY DANYCH.
Coś jak
<?php
$file=fopen("your.csv","r");
mysql_connect ($ip, $user, $pass);
while(!feof($file))
{
$line = explode(',',fgets($file));
mysql_query("INSERT INTO TABLE1 (ID, DATE) values (".$line[0].", ".substr($line[1],0,19).")");
}
fclose($file);
?>
Wykonaj to z wiersza poleceń i powinno wykonać zadanie