Problem nie polegał na tym, że tabela była uszkodzona. Kiedy robisz grupowanie według, mysql tworzy tabelę tymczasową. Ponieważ tabela jest tak duża, tabela tymczasowa zajmuje ponad 10 GB miejsca na dysku. Komunikat o błędzie pojawia się, gdy dysk jest zapełniony w 100%.
Użyłem komendy do sprawdzenia miejsca na dysku:
df -h /dev/root
Tak więc w konfiguracji MySQL (my.ini) zmieniłem lokalizację (tmpdir), w której przechowywane są tabele tymczasowe, na partycję z wystarczającą ilością wolnego miejsca na dysku.
teraz zapytanie działa pomyślnie
