Wiele do wielu stołów łączy się z Pivot

Musisz określić DISTINCT , czyli

select users.name, group_concat( DISTINCT programs.name)

Zobacz dokumentację MySQL tutaj .

Spróbuj zmienić zapytanie na:

SELECT users.name, group_concat(programs.name) 
from users
LEFT JOIN linker on linker.user_id = users.id
LEFT JOIN programs on linker.program_id = programs.id
GROUP BY users.id

To da ci null dla każdego użytkownika bez powiązanych z nim programów. Aby je odfiltrować, po prostu dodaj WHERE programs.id IS NOT NULL .