Ponieważ wybierasz dane z dwóch tabel, które zawierają pole o nazwie id , stąd dlaczego otrzymujesz Column 'id' in field list is ambiguous... błąd.
Jeśli spróbujesz ponownie wykonać to samo zapytanie, ale określisz, który id chcesz wybrać za pomocą notacji kropkowej w postaci table.field powinno działać.
Conversations::find($conv_id)->users()->get(array('users.id','name'))->toArray();