Wolę umieszczać każde większe zapytanie w jednym pliku. W ten sposób możesz mieć podświetlanie składni i łatwo jest załadować przy starcie serwera. Aby to uporządkować, zwykle mam jeden folder dla wszystkich zapytań i wewnątrz tego jednego folderu dla każdego modelu.
# queries/mymodel/select.mymodel.sql
SELECT * FROM mymodel;
// in mymodel.js
const fs = require('fs');
const queries = {
select: fs.readFileSync(__dirname + '/queries/mymodel/select.mymodel.sql', 'utf8')
};