MySql self JOIN zapytanie

Możesz użyć agregacji tutaj:

SELECT job_id
FROM skill_usage
WHERE skill_id IN (3, 4)
GROUP BY job_id
HAVING MIN(skill_id) <> MAX(skill_id);

To zapytanie powinno korzystać z następującego indeksu:

CREATE INDEX idx ON skill_usage (skill_id, job_id);

Zarówno WHERE i HAVING klauzule, jak napisano, są możliwe do sargowania i powinien móc korzystać z tego indeksu.