#1066 — Nieunikatowa tabela/alias:

Wygląda na to, że wybierasz dwa razy z tego samego stołu. Każde z tych wystąpień wymaga własnego aliasu:

SELECT
    l.url
FROM
    b as b1 /* <-- */
    INNER JOIN links as l
      ON b1.parent_id = l.id
    INNER JOIN b as b2 /* <-- */
      ON l.id = b2.link
WHERE l.url LIKE 'http://domain%' LIMIT 0, 30

Pamiętaj, że dodałem również brakujący alias l dla links tabeli.