Masz rację, MySQL umożliwia tworzenie zapytań, które są niejednoznaczne i mają dowolne wyniki. MySQL ufa, że wiesz, co robisz, więc Twoim obowiązkiem jest unikanie takich zapytań.
Możesz sprawić, by MySQL wymuszał GROUP BY w bardziej standardowy sposób:
mysql> SET SQL_MODE=ONLY_FULL_GROUP_BY;
mysql> select EMP_ID, SALARY
from EMPLOYEE_PAY_TBL
group by BONUS;
ERROR 1055 (42000): 'test.EMPLOYEE_PAY_TBL.EMP_ID' isn't in GROUP BY