CSV nie ma pojęcia „nulls”. Nie można odróżnić pola, które ma wartość null, od pola, które ma legalnie pustą wartość (np. pusty ciąg). Będziesz musiał zamaskować wiersze podczas ich ładowania przed wstawieniem zapytania, aby zastąpić wszelkie „puste ciągi” odpowiednimi wartościami NULL
np.
$row = fgetcsv(...);
$row[0] = 'NULL';