Nie skrót klawiaturowy.
Jedynym wyjściem jest otwarcie kolejnej sesji, użyj POKAŻ LISTĘ PROCESÓW a następnie KILL QUERY ten, który chcesz zakończyć.
Możesz także użyć mysqladmin
narzędzie wiersza poleceń do wydawania tych poleceń.
Tak czy inaczej, wymaga zalogowania. Więc nie ma to dużej przewagi nad zwykłym naciśnięciem Ctrl-C.