Brakuje Ci pamięci podczas wykonywania dużego zapytania?

Zakładając, że używasz sterownika MySQL Connector/J dostarczonego przez MySQL, uważam, że rozwiązanie można znaleźć w ta strona podręcznika (zwróć uwagę na parametr 1 Connection::createStatement() ):

stmt = conn.createStatement(java.sql.ResultSet.TYPE_FORWARD_ONLY,
              java.sql.ResultSet.CONCUR_READ_ONLY);
stmt.setFetchSize(Integer.MIN_VALUE);