Bardziej wydajne zapytanie niż NOT IN (zagnieżdżone zaznaczenie)

Uaktualnij do MySQL 5.6, który lepiej optymalizuje częściowe sprzężenia pod kątem podzapytań.

Zobacz http://dev.mysql.com/doc/ refman/5.6/en/subquery-optimization.html

Lub użyj przyłączenia wykluczającego:

SELECT COUNT(t1.table1_id) FROM table1 t1 
LEFT OUTER JOIN table2 t2 USING (table1_id)
WHERE t2.table1_id IS NULL

Upewnij się również, że table2.table1_id ma indeks.