Myślę, że problem wynika z tego, że generator sekwencji nie jest tak naprawdę generatorem sekwencji, ale generatorem sekwencji hilo, z domyślnym rozmiarem alokacji 50. Jak wskazuje dokumentacja:http://docs.jboss.org/ hibernacja/stable/annotations/reference/en/html_single/#entity-mapping-identifier
Oznacza to, że jeśli wartość sekwencji to 5000, następną wygenerowaną wartością będzie 5000 * 50 =250000. Dodaj wartość pamięci podręcznej sekwencji do równania, a może to wyjaśnić ogromną początkową lukę.
Sprawdź wartość sekwencji. Powinien być mniejszy niż ostatnio wygenerowany identyfikator. Uważaj, aby nie ponownie zainicjować sekwencji do ostatnio wygenerowanej wartości + 1, ponieważ wygenerowana wartość rosłaby wykładniczo (mieliśmy ten problem i mieliśmy ujemne liczby całkowite z powodu przepełnienia)