Rozwiązaniem jest umieszczenie zmiennych globalnych ORACLE NIE w /etc/environment, ale w /etc/apache2/envvars
Dodałem więc te 2 wiersze na końcu /etc/apache2/envvars
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/oracle/12.2/client64/lib
export ORACLE_HOME=/usr/lib/oracle/12.2/client64
I wszystko działa świetnie