Możesz rozważyć użycie Liquibase, który jest lekkim frameworkiem do wykonywania zmian w bazie danych (DDL, DML) w określony sposób. Jego głównym celem jest obsługa migracji schematu bazy danych.
Istniejące skrypty SQL można łatwo przekonwertować na skrypty liquibase, po prostu dodając kilka komentarzy zawierających słowa kluczowe liquibase. Zobacz ten przykład
Jedynym minusem, jaki przychodzi mi do głowy, jest to, że liquibase używa dwóch dodatkowych tabel do rejestrowania informacji o zmianach w bazie danych, które już wykonał.