jak zapytać tabelę sprzężenia za pomocą hibernacji?

To, co chcesz zrobić, to utworzyć wpisane zapytanie. Przy odpowiednim mapowaniu możesz również uzyskać powiązane obiekty - nie ma potrzeby wykonywania zapytań dotyczących dołączania tabel jako ORM zrobi to za Ciebie:

Query query = session.createQuery(hql);
List<TestProject> results = query.list();

for (TestProject row : results) {
    //what to do here
    // do whatever you want
}

A dzięki odpowiedniemu odwzorowaniu relacji możesz uzyskać takie relacje:

for (TestProject row : results) {
    Set<TestEmployee> employees=row.getEmployeesList();
    // do more work.
}

Jeśli chodzi o "jak" - temat jest zbyt obszerny, aby objąć go pojedynczą odpowiedzią itp., ale powinieneś być w stanie zacząć od tego miejsca - http://hibernate.org/orm/documentation/5.1/