MVC4 Entity Framework wiele-do-wielu niestandardowa nazwa tabeli sprzężenia i nazwa schematu

Musisz określić to ręcznie z kodu konfiguracji płynnej...

modelBuilder.Entity<User>()
    .HasMany(x => x.Roles)
    .WithMany(x => x.Users)
    .Map(x => x.ToTable("UserRole", "SIGNUM"));