Zgodnie z dokumentacją "Pliki konfiguracji domeny" w Zrozumienie konfiguracji domeny , katalogi, których szukasz to:
Znajdziesz servers
katalog w Twojej domain_name
katalogu, ale nie mogę powiedzieć, gdzie ten znajduje się na twoim komputerze (czy używasz warsztatu, czy co?).
Oracle Weblogic Workshop powinien mieć .apt_src
katalog kompilacji. Spróbuj ręcznie usunąć pliki w tym katalogu (jest to bezpieczna operacja). Nie jestem jednak w 100% pewien, że skompilowane pliki JSP tam trafią.