PostgreSQL nie obsługuje przechowywania znaków NULL (\0x00) w polach tekstowych (oczywiście różni się to od wartości NULL bazy danych, która jest w pełni obsługiwana).
Źródło:http://www.postgresql.org/docs/9.1/static/sql-syntax-lexical.html#SQL-SYNTAX-STRINGS-UESCAPE
Jeśli potrzebujesz przechowywać znak NULL, musisz użyć pola bajtowego - które powinno przechowywać wszystko, co chcesz, ale nie będzie obsługiwało na nim operacji tekstowych.
Biorąc pod uwagę, że PostgreSQL nie obsługuje go w wartościach tekstowych, nie ma dobrego sposobu, aby go usunąć. Możesz zaimportować swoje dane do bajtów, a później przekonwertować je na tekst za pomocą specjalnej funkcji (może w perlu czy coś?), ale prawdopodobnie łatwiej będzie to zrobić podczas wstępnego przetwarzania przed załadowaniem.