W końcu udało mi się to naprawić. Problem nie jest związany z HikariCP. Problem utrzymywał się z powodu niektórych złożonych metod w kontrolerach REST wykonujących wiele zmian w DB za pośrednictwem repozytoriów JPA. Z pewnych powodów wywołania tych interfejsów skutkowały rosnącą liczbą „zamrożonych” aktywnych połączeń, wyczerpując pulę. Albo dodaj adnotacje do tych metod jako @Transactional
lub zamknięcie całej logiki w jednym wywołaniu metody usługi transakcyjnej wydaje się rozwiązywać problem.