W przypadku Pycharm przejdź do Run -> Edit Configurations, wybierz swój projekt po prawej stronie okna z Debug Configuration, a po prawej stronie zobaczysz zmienne środowiskowe. Upewnij się, że ustawiłeś DJANGO_SETTINGS_MODULE=mysite.settings, jeśli nie tylko dodaj jeden, wystarczy wypełnić parę klucz-wartość z wyskakującego okna dialogowego.