Udało mi się to i publikuję odpowiedź tutaj, jeśli ktoś będzie potrzebował pomocy w przyszłości.
Zasadniczo możemy zrobić proste where zapytanie z @> operator. A wartość może być zakodowana w formacie json z wyszukiwanym e-mailem. Poniżej znajduje się zapytanie do wyszukania określonego e-maila bez użycia whereRaw metoda.
$contacts = Contact::where("emails", '@>', '[' . json_encode(['value' => $query]) . ']')->get();
Mam nadzieję, że w przyszłości pomoże to komuś innemu :)