IMHO największym problemem z hibernacją są:1. Problemy z wydajnością w porównaniu z Raw JDBC w dużych ilościach danych.2. złożone problemy z mapowaniem, jeśli chodzi o grafy dużych obiektów i tym podobne. poświęciłbyś dużo czasu na skonfigurowanie modelu domeny, aby działał poprawnie z hibernacją.
Inną alternatywą dla ciebie jest użycie frameworków Spring JDBC, które dadzą ci możliwości serializacji obiektów hibernacji z bardziej precyzyjną kontrolą nad zapytaniami JDBC i są bardziej skalowalne i moim zdaniem znacznie łatwiejsze do opracowania
