Okazuje się więc, że sposób, w jaki importowałem, był niepoprawny.
Ale w zasadzie import powinien wyglądać tak:
import clr
import sys
sys.path.append(os.path.abspath('./DLL')) #where your dlls are
clr.AddReference('System')
clr.AddReference('FluentNHibernate')
from FluentNHibernate.Cfg.Db import PostgreSQLConfiguration
Nie ma potrzeby importowania biblioteki DLL, jeśli inna biblioteka DLL importuje ją w clr.