Rozwiązanie, które wybrałem, polegało na użyciu JdbcCursorItemReader zamiast JdbcPagingItemReader, co rozwiązuje mój problem, ale nie odpowiada, jeśli JdbcPagingItemReader ma (nie) działać w tym przypadku użycia.
Zmiany, które wprowadziłem do naszego kodu, są tutaj .