Zaktualizuj rekordy, które spełniają warunek z rosnącą liczbą

To typowy przypadek użycia row_number() Funkcja okna.Zakładając, że główną tabelą jest T, to zapytanie powinno działać z postgresql 8.4 lub nowszym:

update T set local_id=s.rn 
from (select id,row_number() over(order by id) as rn from T where local_site_id=2) s
 where T.id=s.id;